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Grazie al ritrovamento di alcune tombe etrusche nella zona si può dire che il paese ha origini etrusche. Nel Medioevo fu un castello importante grazie alla sua posizione dominante sulla vallata dell' Era e fu conteso tra Volterra - Pisa e Firenze; le prime notizie documentate risalgono ad alcuni atti della città di Pisa del 1086. Nel 1186 il borgo mediante un diploma emanata da Enrico VI assegnava il territorio all'episcopato volterrano, successivamente nel 1193 chianni fu assegnata alla repubblica di Pisa. Dopo alternate vicende del 1288 gli abitanti di Chianni, per mezzo dei loro due sindaci, giurarono fedeltà a Lapo di Rosso de' Rossi vicario del Vescovo di Volterra e sempre in quell'anno il borgo fu riconquistato dai pisani comandati da Guido di Montefeltro. Chianni rimase sotto il dominio di Pisa, nonostante ripetuti tentativi di volterrani e fiorentini e nonostante una ribellione repressa sanguinosamente nel 1345, fino alla seconda metà del XIV secolo, quando due successivi diplomi di Carlo IV la restituirono al vescovo di Volterra. Nel 1406, dopo la caduta di Pisa, il borgo si sottomise alla repubblica fiorentina, successivamente nel 1629 Ferdinando II la concesse in feudo, con il titolo di marchesato, alla famiglia fiorentina dei Riccardi, che ne mantenne la signoria fino al 1776. Con la riforma amministrativa attuata dal Granduca nel 1776 la comunità di Chianni venne a far parte della Podesteria di Rosignano e della Cancelleria di Lari. Nel 1861 passo sotto il Regno d'Italia.

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