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Il ritrovamento di alcuni reperti nella necropoli di Fontevivo e negli scavi nelle località di Montecalenne e Motappio (lapidi, bronzi, sculture in marmo, mosaici ecc.) ci testimoniano le sue origini etrusco-romane. Colonizzata dai legionari di Augusto, divenne poi stazione militare con il nome di quarto, ma solo dopo l'invasione dei Longobardi divenne borgo, infatti nel 783 un gruppo di longobardi-lucchesi costruitrono su queste colline una piccola chiesa dedicata al martire San Miniato, dal quale prese poi il nome la città. Il borgo si sviluppo intorno a questa chiesa e nel 962 l'imperatore Ottone I interessato alla vita del martire arrivo nella zona e constatato la posizione strategica decise di far costruire il castello, e vi costituì la sede dei Vicari Imperiali, con giurisdizione su tutta la Toscana. Nel XII secolo il castello ormai molto popoloso e circondato di fossati fù munito di fortificazioni. L'impero tedesco ci governò per molti anni da qui prese il nome San Miniato al Tedesco, e diversi imperatori si susseguirono mà Federico II fù quello che lascio un l'impronta più decisiva; infatti nel 1226 fece effettuare una ristrutturazione urbanistica in senso preminentemente militare, facendolo al contempo sede di un vicario imperiale (che sarà costretto ad abbandonare la Toscana nel 1284, dopo la sconfitta alla Meloria dei pisani, suoi più validi protettori). Nel 1291 San Miniato si mise al fianco di Firenze, combattendo con essa nel 1307 contro gli aretini , teatro di lotte di fazione e di devastazioni per tutto il XIV secolo, nel 1313 perdette vari territori, ribellatisi al suo dominio o conquistati dai pisani. Nel 1317 in base alla pace fra i comuni della Toscana conclusa entro le sue stesse mura, rientrò in possesso dei suoi territori precedentemente persi, mà le lotte continuarono fino alla pace del 1329, di Montopoli. Nel 1347 si sottomise a Firenze, contro la quale si sollevò nel 1367 su pressione della repubblica di Pisa. Fù riconquistata nel 1370 dai fiorentini dopo un lungo assedio che sostituirono l'appellativo «al Tedesco» con quello di «fiorentino». Eletta sede del vicariato del Valdarno Inferiore, rimase da allora sempre sotto l'autorità di Firenze, seguendone le vicende (talora drammatiche, come in occasione dell'assedio e del saccheggio subito nel 1529 a opera delle truppe di Carlo V), fino a quando aderì al Regno d'Italia. Durante il ventennio fascista si creo un importante organizzazione clandestina antifascista e durante la resistenza vi si creò una brigata partigiana.

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